De Katwijkse gemeente is in tegenstelling van de meeste andere gemeenten pas in latere tijd toegetreden tot het verband van de Christelijke gereformeerde kerken.
De eigenlijke oorzaak van de stichting van de kerk lag in de onvrede over de prediking in de plaatselijke hervormde en de gereformeerde kerk van hen, die een schriftuurlijke bevindelijke prediking begeerden.
Om enigszins in deze behoefte te kunnen voorzien werden in voorafgaande jaren werden onder leiding van een evangelisatiecommissie regelmatig avonddiensten gehouden, waarin predikanten van diverse kerkgenootschappen, doch veelal hervormde predikanten voorgingen.
In een later stadium traden hierbij op den duur meer en meer Christelijke Gereformeerde predikanten op de voorgrond. Met name ds. N. de Jong, die in de jaren 1931-1934 te Rijnsburg stond nam hierbij een belangrijke plaats in.
Het voortdurend voorgaan van ds. De Jong in een vrije gemeente werd door de classis ‘s Gravenhage gezien als in strijd met de kerkorde en uiteindelijk verboden.
Hierop kon ds. De Jong niet anders doen dan de genoemde evangelisatiecommissie voor de keus te stellen óf toe te treden tot het verband van de Christelijke Gereformeerde Kerken óf de onderlinge samenwerking te verbreken.
Met instemming van een overtuigende meerderheid werd daarna besloten tot toetreding over te gaan. Hierna werd door ds. De Jong op 14 maart 1944,dus midden in de oorlogstijd de gemeente officieel geïnstitueerd.
In 1947 kreeg de gemeente haar eerste predikant in ds. P. van der Bijl. De gemeente verkeerde toen in een moeilijke positie omdat gezorgd moest worden voor een passende pastorie, waarin echter op een wonderlijke wijze mocht worden voorzien.
Vanwege het ontbreken van een kerkgebouw moesten de kerkdiensten worden gehouden in Casa Cara, in een zaalruimte behorend bij een restaurant, welke ruimte doorgaans de toehoorders niet of nauwelijks kon bergen.
Aan deze moeilijke situatie kwam in 1950 een einde doordat een passende houten noodkerk kon worden aankocht en op een geschikte plaats worden opgericht.
Na het vertrek van ds. van der Bijl in 1952 werd deze opgevolgd door ds. N. de Jong ,die de gemeente diende van 1952 tot 1964.Tijdens deze periode onderging de gemeente een aanzienlijke uitbreiding ,zodat de noodkerk niet meer voldeed. Aan deze situatie kwam een einde doordat in 1954 een geheel nieuwe kerk, de huidige Bethelkerk, kon worden gebouwd
Na het vertrek van ds De Jong werd de gemeente achtereenvolgens gediend door ds. H.C.van der Ent (van 1965-1978), ds D. Slagboom (van 1979-1990), ds. J. Veenendaal (van 1990-1995), ds K. Hoefnagel(van 1997-2011) en ds. M.A. Kempeneers (van 2012 -2021). Vanaf 6 juli 2022 tot heden is ds. A.J.T. Ruis verbonden aan de gemeente.